2025年10月7日、EMBL-EBIとGoogle DeepMindは、AlphaFoldタンパク質構造データベース（AFDB）に関する協力関係の更新を発表した。これに伴い、AFDBはUniProtタンパク質配列ナレッジベース（リリース2025_03）と同期される重要な更新を開始した。
AlphaFoldデータベースは2021年に開始され、2億以上のタンパク質の構造予測を含み、190以上の国で300万人以上に利用されている。今回の更新では、新たに発見されたタンパク質に対するカバレッジが拡大され、データベースで初めてタンパク質アイソフォームが利用可能になった。
また、各予測を生成するために使用された多重配列アライメント（MSA）がダウンロード可能になり、進化的および構造的分析のための新しいデータ層が提供される。この更新の一環として、AFDBのAPIは今後数ヶ月で変更される予定である。
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EMBL-EBI and Google DeepMind renew partnership and release update to AlphaFold Database
【編集部解説】
AlphaFoldタンパク質構造データベースの更新により、科学と産業界のタンパク質解析に新たな可能性が広がります。これまで実験的な構造解明には膨大なコストと時間が必要でしたが、AlphaFoldの予測により、世界中の研究者は2億以上のタンパク質の構造情報を即座に入手し、創薬や疾患研究の効率化を実現しています。今回のデータベース更新で新規タンパク質やアイソフォームも網羅された点は、個々の遺伝子や配列の違いが個別の疾患発症や治療にどう関わるかをより詳細に解析する足掛かりになります。
多重配列アライメント（MSA）がダウンロード可能になったことで、タンパク質の進化的起源や機能的な関係性の深化した探索が行えるようになりました。これにより、企業の創薬研究や学術機関での基礎研究がさらに加速しそうです。データベースのAPI変更についても、今後さまざまなサービスやアプリケーションの発展が期待できますが、同時に既存のITインフラ維持やシステム連携には注意が必要となります。
AIによるタンパク質予測技術には、構造データの信頼性やバイアス、医薬品開発分野での過度な期待といった課題も議論されています。しかし、Google DeepMindとEMBL-EBIのパートナーシップは、産学連携による知識共有とイノベーションの責任ある推進という点で象徴的です。商用利用も可能な「CC-BY-4.0ライセンス」の下、オープンアクセスの原則を守り、世界中の研究者が平等に活用できる環境を維持している点は、今後の先端医療やバイオマテリアル分野のグローバルな発展に大きく寄与すると考えられます。
今回のニュースは、AI技術と生命科学が融合することで、人類の健康課題への新しいアプローチが広がることを示しています。今後もデータベースの拡張や運用には公正性・透明性が求められるでしょう。長期的には、基礎科学から応用研究、さらには個別化医療まで幅広い範囲で社会的インパクトが期待されています。
【用語解説】
AlphaFold
Google DeepMindが開発したAI技術で、タンパク質のアミノ酸配列から立体構造を高精度で予測する。
EMBL-EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）
欧州分子生物学研究所（EMBL）の一部門で、生命科学データの管理・提供を行う国際的な研究機関。
UniProt
タンパク質の配列と機能に関する包括的なデータベース。EMBL-EBI、SIB、PIRの共同プロジェクト。
タンパク質アイソフォーム
同じ遺伝子から生成される配列や機能の異なるタンパク質バリアント。
多重配列アライメント（MSA）
複数のタンパク質配列を比較し、進化的関係や保存部位を解析する手法。
【参考リンク】
Google DeepMind（外部）
AI分野で最先端の研究を行っている企業。AlphaFoldやAlphaGoなどで有名。
【参考記事】
AlphaFold Database update: Collaboration with Google DeepMind（外部）
パートナーシップ更新の意義やデータベースの利用状況を説明。
DeepMind and EMBL release the most complete database of predicted protein structures（外部）
AlphaFoldデータベース設立背景や、構造データの意義を解説したアナウンス記事。
【編集部後記】
AlphaFoldデータベースは誰でも無料でアクセスできます。創薬やバイオテクノロジーに携わる方はもちろん、生命科学に興味がある方も、実際にデータベースを触ってみると、AIが予測したタンパク質の美しい立体構造を目の当たりにできます。
私たちが日々口にする食べ物や、体内で働く酵素、病気に関わる分子まで、あらゆる生命現象の根底にタンパク質が存在しています。このデータベースを通じて、ミクロな世界がどれほど緻密で複雑なのか、そしてAI技術がその理解をどう変えつつあるのかを感じていただけたら嬉しいです。
